Existe alguna herramienta de desfragmentación para Linux - no se necesita
De MEPIS Documentation Wiki
Cuando usaba Windows desfragmentaba mi disco duro para que funcionase más rápido, ¿qué utilidad tengo que usar en Linux?
Esta es una de las ventajas de utilizar Linux, a diferencia de con Windows no hay que preocuparse por la fragmentación, no hace falta siempre que se utilice un sistema de ficheros Ext3 o ReiserFS